A szárazföldi és vízi ízeltlábúaknak (rovarok, rákok, homárok, garnélák, száz- és ezerlábúak, skorpiók pókok, stb.) nagyon sok faja létezik a Maldív-szigeteken. Az itt honos számos pókfaj között megtalálható a barna vadászpók, a hiúzpók, az Indiai-óceán más régióiban is jellemző argiope anasuja vagy a fekete özvegy, amellyel alkalmanként akár a Malé Nemzetközi Repülőtéren is találkozhat a turista.

Ugyan az egyes szigetek területe kicsi, a Maldív-szigetek természeti adottságai mégis rendkívül kedvezőek a honos szárazföldi gyíkfélék számára. A hüllők közül legvalószínűbb, hogy gekkókal és kerti gyíkokkal találkozhatnak az ide látogatók, ezek ugyanis gyakran futkároznak az üdülőhelyeken is. A keleti kerti gyíkokat és az agámafélék közé tartozó tarka díszes gyíkokat előszeretettel fényképezik a turisták, de kis szerencsével akár ritka szkinkeket is megfigyelhetnek az utazók.

A Maldív-szigeteken búvárkodás közben gyakran találkozhat akár sárgahasú tengeri kígyókkal. Ezek a mérgeskígyók békésen pihennek akár a strandok homokjában is, amíg meg nem zavarják őket. Noha a kígyók annyira nem elterjedtek ezeken a tájakon, igazából két ártalmatlan fajuk honos, a vakkígyó és a farkasfogú kígyó.

A Maldív-szigetek óceáni elhelyezkedéséből adódóan madárvilága főként pelagikus, azaz életük jelentős részét a nyílt óceánon töltik. A fajok többsége jellemzően eurázsiai költöző madár. A szigetek környezetében több mint 100-féle madárfaj él, ezek közül 36 tengeri madár, például fregattmadarak, fehér csérek. A madarak szerelmeseire a mocsarakban és a szigetek bokorzatában szürke gémek, lilefélék, szalonkák, partfutók és többféle sirály, a szárazföldön beljebb haladva galambok, verebek, fecskék és rigók várnak. A Maldív-szigetek nemzeti madara a fehérmellű lápityúk.

A Maldív-szigetek kis alapterülete miatt nagyon kevés szárazföldi emlős, pl. kétféle gyümölcsdenevér, az indiai repülőkutya és a szigeti repülőkutya egyik alfaja honos erre. A macskákat, patkányokat és egereket az emberek hozták be a szigetekre, ahová szigorúan tilos házi kutyákat bevinni.

A Maldív-szigetek környéki vizekben a világ hét tengeri teknősfaja közül öt honos, amelyek közül a kritikusan veszélyeztetett közönséges cserepesteknőst és a veszélyeztetett közönséges levesteknőst rendszeresen is láthatják a turisták. Az olajzöld fattyúteknősöket sajnos leggyakrabban a szigetek partjaitól távolabbi vizeken, halászhálókban csapdába esve találják meg. További két tengeri teknős faj, az álcserepesteknősök és a kérgesteknősök egyedeivel ritkábban lehet találkozni.

A Maldív-szigetek 1192 szigete és 26 atollja körüli vizek korallzátonyai több mint 2000 halfaj egyedeinek adnak otthont. Elég a strandok vízében egy gyors merülés a mélybe vagy egy szervezett búvárkirándulás és máris feltárul a Maldív-szigetek víz alatti varázsvilága a turista előtt. Leggyakrabban tonhalak és tilápiák vagy bohóchalak, papagájhalfélék, hosszúcsőrű korallcsőszök, vitorláshalak és sörtefogúfélék úszhatnak szembe a búvárokkal.

Aki pedig szeretne veszélyesebb halakkal találkozni, arra tűzhalak, a kőhalak, barrakudák, murénafélék vagy titán íjhalak várnak mindaddig békésen, míg túl közel nem úszunk hozzájuk.

A Maldív-szigetek környékén 23-féle cetfaj (bálnák, delfinek) egyedei élnek, amelyeket a helyi törvények védenek. A leggyakrabban látható cetfélék a trópusi delfin, amely ugyanazt a mintát követi minden nap: reggel kiúszik a korallzátonyokhoz, napközben pihen, majd naplemente körül visszaúszik a partok közelébe, hogy éjszaka vadásszon. A Maldív-szigeteken található más delfinfajok közé tartoznak a csíkos delfinek, a pettyes delfinek, a barázdásfogú delfinek valamint a palackorrú delfinek.

A maldív-szigeteki vizekben található bálnafajok között vannak a trópusi bálnák, a kék bálnák, a törpe és a nagy ámbráscetek, a különböző csőröscetfélék, a törpe-kardszárnyúdelfinek és a rövidszárnyú gömbölyűfejű-delfinek.

Egy evezős kirándulás a part menti vizeken vagy egy búvártúra távolabb a parttól jó alkalom, hogy megnézhesse természetes közegükben a különböző egzotikus rájaféléket. Néhány üdülőhelyen programként kínálják a turistáknak a sasrája vagy ördögrája etetést. Bár a sárgaúszójú tonhal a Maldív-szigetek egyik legjellegzetesebb tengeri állata, mégis a korallok között elegánsan sikló, planktonok után kutató ördögráják képe marad meg örökre a turisták emlékei között. A búvárok jobb, ha legalább 3-4 méter távolságot tartanak a sasrájáktól és az ördögrájáktól, amelyek önvédelemként előszeretettel használják ostorcsapás-szerűen halálos farkukat.

A Maldív-szigetek körüli óceáni vizekben 14 cápafaj honos, közülük az óriási cetcápa 1993. óta védett faj. Az atollok körül könnyen találkozhat szirticápákkal, pörölycápákkal, de akár kék, tigris vagy a filmekből is ismerős fehér cápákkal a búvár. A fehér- és feketeúszójú szirticápák annyira megszokták már a búvárok jelenlétét, hogy zavartalanul lehet úszni körülöttük.